В структуру Госкомимущества входят главные управления, управления, отделы, секторы, а также структурные подразделения, осуществляющие обеспечение деятельности и техническое обслуживание в соответствии с законодательством.
В систему Госкомимущества входят комитеты государственного имущества областных, Минского городского исполнительных комитетов (по одному в каждой области и г. Минске), а также государственные организации по перечню, утвержденному Советом Министров Республики Беларусь, и их дочерние предприятия.
Комитеты государственного имущества областных, Минского городского исполнительных комитетов являются одновременно территориальными органами Госкомимущества и структурными подразделениями областных и Минского городского исполнительных комитетов.